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BIAM 2.0

Un peu « d’Omics » pour booster les projets transversaux


Renforcer les équipes en biologie évolutive pour favoriser la transversalité entre les thématiques de recherche de l'Institut à travers la bioinformatique et les sciences « omiques » est le défi majeur porté par le projet de Caroline Monteil qui a retenu l'attention du jury au cours du processus de recrutement, mené en 2020 au travers de l'appel à mobilité international du BIAM.

Publié le 1 décembre 2020

Une des forces du BIAM est de rassembler des chercheurs aux expertises et aux axes de recherche variés avec une multitude de compétences et de modèles biologiques qui interagissent et qui bénéficient aujourd'hui d'un renfort sur certaines approches de biologie évolutive et de bioinformatique  par le recrutement de Caroline Monteil.

Caroline est experte en microbiologie environnementale et développe, depuis sa thèse, une démarche intégrative et multi-échelles afin de décrire la biodiversité des microorganismes, et de comprendre comment ils interagissent avec leur environnement et s'y adaptent. Au fil des années elle s'est formée sur un large éventail de compétences pour répondre à ses questions de recherche, initialement sur les systèmes plante-pathogènes puis sur les systèmes biologiques aux interfaces minéral-vivant.  Son approche est résolument interdisciplinaire, croisant l'écologie évolutive avec la génomique des populations, la biologie moléculaire, la biochimie ou encore la biophysique et plusieurs sciences environnementales.

Les expéditions scientifiques sur le terrain constituent la base de ses recherches « les plus belles découvertes commencent toujours de l'exploration des écosystèmes qui nous révèle sans cesse de nouvelles innovations biologiques à l'origine de l'adaptation des organismes ».  D'échantillons d'eau de mer, de pluie, de sol ou de sédiment, elle caractérise la diversité, l'écologie et l'évolution des microorganismes grâce notamment, à l'information codée dans leur génome. « Décoder l'information contenue dans les génomes nécessite un certain nombre de compétences en laboratoire et en bioinformatique ; d'abord pour le séquencer, puis pour en interpréter les variations dans un contexte écologique et évolutif ».

La biologie évolutive, les sciences « omiques » et la bioinformatique ont déjà fait leur entrée à l'institut il y a des années. Caroline a eu le temps d'apprendre à bien connaitre l'Institut puisqu'elle y a travaillé en tant que post-doctorante sur deux projets entre 2016 et 2020. Durant ces années, elle a su allier les forces multidisciplinaires du BIAM avec celles de son réseau extérieur, composé d'experts en génomique, phylogénie moléculaire et en ressources informatiques, ce qui l'a aidé à  identifier les besoin du BIAM dans ce domaine: « les sciences omiques et les outils de bioinformatique, associés à l'analyse des big data, sont devenus centrales pour l'ensemble des microbiologistes, et font également l'objet de demandes en biologie végétale et des eucaryotes  ».

Face à cette forte demande, elle propose, en plus de ses projets  de recherche, un « projet d'animation et d'actions transverses », basé sur la création d'un conseil d'experts jouant le rôle de support à la création de projets nécessitant des outils de biologie évolutive, génomique et bioinformatique. L'objectif sera de répondre aux demandes spécifiques des équipes afin de palier à ces manques et donner un nouvel élan au « BIAM 2.0 ».

Même si les projets transverses existent bien et y sont incontournables, certains détails leur permettent de naitre ou de s'éteindre : « la transversalité est compliquée à gérer, car l'ignorance de deux collaborateurs sur les tenants et aboutissants de leurs approches respectives, peut créer des incompréhensions sur les délais d'analyse, les besoins nécessaires à leur réalisation, les compétences associées, voire le besoin d'équipements spécifiques » souligne-t-elle. « Par ailleurs, lorsqu'on est biologiste par exemple, on imagine souvent que tout ce qui touche à la bioinformatique relève de l'automatique et du simple clic-bouton alors que cela nécessite de vraies phases de développement, de tests et donc d'erreurs, avec un apprentissage de plusieurs langages informatiques spécifiques » détaille-t-elle. « Malgré les difficultés, ce qui me motive le plus c'est de croiser les compétences, les idées. Cela offre une vision des systèmes biologiques uniques ».

Un premier bilan des besoins et des idées sera présenté ces prochains mois et un arbitrage sera réalisé en concertation avec les membres de chaque équipe. Les compétences, outils et expertises thématiques au sein du domaine de la bioinformatique seront inventoriées afin de pouvoir créer un conseil d'experts spécialisés qui pourront soutenir une partie des projets transversaux du BIAM et améliorer les chances de succès à des guichets interdisciplinaires. « Le succès d'un projet d'action transverse repose sur la maitrise des aspects méthodologiques et financiers, c'est pourquoi par exemple, un bioinformaticien doit également accompagner la rédaction des projets en amont avec beaucoup de communication. »

Pour l'heure Caroline s'attelle à récolter auprès des membres du BIAM l'ensemble des informations qui lui permettront d'établir un répertoire des compétences et d'interactions envisageables dans la cité des énergies après son aménagement. Elle entérine actuellement un premier programme transverse avec Laurence Blanchard et Arjan de Groot, tous deux chercheurs au BIAM, pour mieux comprendre l'évolution moléculaire et structurale d'un couple de protéines impliquées dans la réponse d'un groupe de bactéries exposées aux radiations. En fonction des ressources, et des objectifs de chacun, elle devrait développer une à trois actions similaires d'accompagnement ou d'animation de projet. A suivre dans les prochaines Newsletters !

* Omics le terme s'apparente au nouvelles technologies faisant référence à la génomique, la proteinomique ou la transcriptomique. Par extension le terme s'inscrit aujourd'hui aux nouveaux outils de diagnostiques.


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