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Nouvelles thèses

Bienvenue aux Doctorants du BIAM, promotion 2019

Bactéries, microalgues et plantes : le cocktail à trois modèles est de nouveau réuni pour la promo des nouvelles thèses 2019. Félicitations aux équipes IPM et EBM, ainsi qu'au LGBP qui s'enrichit de deux nouvelles recrues.
Publié le 15 octobre 2019

Abbas Mohamad Ali a effectué ses études au Liban, qui ont abouti à une licence de biologie et un master 1 en biologie animale de l'Université Libanaise. Il est ensuite venu en France pour suivre un master 1 et 2 en microbiologie à l'Université de Lorraine à Nancy. Il a au cours de cette période effectué deux stages au laboratoire DynAMic (Dynamique des génomes et adaptation microbienne) au cours desquels il a travaillé sur les mécanismes d'adaptation microbienne, et précisément sur le transfert des gènes par conjugaison chez les streptocoques. À l'issue de cette période, il est arrivé au BIAM en contrat de thèse CFR avec Virginie Chapon dans l'équipe IPM. Son sujet de thèse est : « Mécanismes moléculaires de la tolérance à l'uranium chez Microbacterium ». L'objectif de ce projet est de comprendre les mécanismes moléculaires de tolérance à l'uranium chez les bactéries à travers l'analyse comparée de 4 souches environnementales de Microbacterium, qui présentent un phénotype de tolérance contrasté.

J'ai été séduit par ce sujet qui est dans la continuité de mon projet d'expertise dans le domaine des mécanismes d'adaptation microbiens. Le laboratoire est bien équipé, je vais apprendre de nouvelles techniques en biochimie. Je suis aussi heureux d'apporter mon savoir-faire en biologie moléculaire et en génétique.

 

Ousmane Dao a obtenu une licence de biotechnologie microbienne en Algérie et un master en biologie intégrative et physiologie végétale à AgroParisTech de Paris. Pendant son master il a effectué deux stages : 4 mois à l'institut de biologie physicochimique de Paris (IBPC) dans l'équipe Biologie Systémique et Synthétique des Microalgues et 6 mois à INRA de Versailles dans l'équipe Différenciation et Polarité Cellulaire. Il a rejoint l'équipe EBM sous la direction de Yonghua Li-Beisson. L'objectif de la thèse est de comprendre les interactions entre le statut redox de la cellule et l'accumulation des réserves (lipides et amidon) chez la microalgue Chlamydomonas reinhardtii.

À la fin de mon master j'ai eu le choix entre deux thèses, à Paris ou à Cadarache. J'ai donc été attiré par le soleil... Ma première expérience de recherche a porté sur les plantes. J'ai travaillé sur l'ingénierie métabolique des lipides et la biologie de synthèse. Cette expérience a confirmé mon intérêt pour la recherche, ce qui m'a poussé à me lancer dans une thèse.  Ce que j'apprécie en particulier dans l'équipe EBM c'est la diversité des projets et la disponibilité des techniciens avec diverses compétences.

 

Romain Perdoux a obtenu une licence à l'université de Rouen où il a commencé à se spécialiser dans la biologie moléculaire végétale. Il a ensuite continué en master à l'université de Rennes 1 en Amélioration Production et Valorisation du Végétal, option Physiologie Moléculaire et Adaptation au stress. Durant ce master il a réalisé deux stages. Le premier au Copenhagen Plant Science Centre, au Danemark. Ce stage portait sur l'amélioration d'un protocole d'extraction et d'analyse des pectines et de la cellulose contenues dans la paroi cellulaire d'Arabidopsis thaliana. Le deuxième stage a été réalisé au laboratoire Mer Molécule Santé de l'université du Maine et avait pour but de modifier génétiquement les facteurs de transcription corrélés à la variation du contenu lipidique chez les microalgues en condition de stress azoté.

Ces deux stages m'ont énormément appris sur les techniques de laboratoire et m'ont conforté dans mon choix de faire de la recherche en laboratoire. Ce dernier stage m'a permis de travailler sur les microalgues, des organismes qui m'attirent beaucoup, de plus j'ai énormément appris sur les modifications génétiques et les techniques de transformation. Lors de ce stage j'ai grandement affiné mon projet professionnel.

Je débute actuellement une thèse au LGBP sous la direction de Benoît Menand. Elle porte sur la « Régulation de la prolifération et de la production de lipides par les kinases TOR et DYRK chez les plantes et les algues ». La protéine kinase TOR est très étudiée car elle se retrouve impliquée dans des processus animaux et végétaux. Chez les animaux elle se retrouve impliquée dans le cancer, une inhibition de cette protéine permet de limiter la prolifération du cancer. Tandis que chez les végétaux l'inhibition de cette protéine induit une réduction de la prolifération des méristèmes racinaires, ainsi qu'une diminution de la croissance de la plante. Chez les microalgues, l'inhibition de cette protéine induit une accumulation de réserves, notamment lipidiques. De plus il a été démontré qu'il y a une communication en TOR et DYRK, l'inhibition de TOR réduit la croissance de la plante, mais si DYRK est aussi inhibée alors il y a restauration du phénotype. Mon projet de thèse vise à modifier génétiquement ces deux protéines kinases de façon plus fine, plutôt que de les inhiber par des molécules chimiques. Ceci permettra par la suite de mieux comprendre l'action de ces deux protéines au sein des organismes végétaux, ainsi que l'interaction entre ces deux protéines. Une meilleure compréhension de la croissance des plantes ayant un lien avec le rendement, et l'accumulation de réserves, notamment lipidiques, avec l'alimentation est les bioénergies. 

 

Shanna Romand a obtenu une licence Sciences de la Vie parcours Biochimie et Biologie Moléculaire à l'Université de Corse Pasquale Paoli et est diplômée du Master Biologie et Biotechnologies Environnementales d'AMU. Elle a réussi le concours de l'ED62 pour une bourse thèse AMU. Elle débute un doctorat au LGBP à Luminy, sous la direction de Ben Field. Sa thèse porte sur l'élucidation du rôle de la guanosine tetraphosphate (G4P) dans l'acclimatation des plantes au stress.

Le chloroplaste est l'organite signature des plantes et des algues qui, grâce à la fixation du carbone par la photosynthèse, nourrit presque toute la vie sur la terre. Cet organite a hérité d'une voie de régulation médiée par le nucléotide hyperphosphorylé guanosine tetraphosphate (G4P). Récemment il a été démontré que le G4P joue un rôle majeur dans le fonctionnement du chloroplaste chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Cependant, aucune voie de signalisation ou de régulation reliant directement le G4P à la mise en place de mécanismes de protection lors d'un stress n'est connu à ce jour. Dans ce projet de thèse des approches de génétique moléculaire de dernière génération, de biochimie et de physiologie seront employées pour élucider les mécanismes moléculaires de l'action du G4P chez Arabidopsis thaliana. Ces travaux amélioreront la compréhension de l'acclimatation au stress chez les plantes et à long terme contribueront au développement d'organismes plus productifs et résistants pour l'agriculture.