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Séminaire


Soutenance de thèse

De l’annotation automatique des génomes à l’annotation experte pour la génomique environnementale

Du 25/09/2018 au 25/09/2018
Philippe Ortet (BIAM/LEMIRE)

Conférencier : Philippe Ortet (BIAM/LEMIRE)

Résumé de la thèse

À l'époque du démarrage des travaux présentés dans ce document (2003) l'annotation d'un génome était une tâche longue et fastidieuse. Avec l'apparition des nouvelles technologies de séquençage, de nombreux outils ont été développés pour faciliter et accélérer ce processus. Pour les meilleurs, l'annotation d'un génome automatique peut prendre moins de 3 minutes, reportant l'activité chronophage sur l'annotation manuelle. Ainsi, de nombreux génomes sont déposés dans les banques de séquences tels quels sans annotation manuelle experte. Il est donc rapidement apparu nécessaire de fournir aux annotateurs la possibilité d'accéder à des bases de données consolidées et spécifiques de leur domaine d'expertise.

Nous présentons dans ce document un outil modulaire d'annotation et de visualisation, GenoBrowser, que nous avons créé dans le cadre de nos travaux de recherche dans une équipe de microbiologie. Celui-ci nous permet d'intégrer simplement de nouvelles fonctionnalités liées aux données de Omics générées dans l'équipe. L'architecture de notre outil et la création d'une API (Application Programming Interface) spécifique nous ont permis de développer et de mettre à la disposition de la communauté scientifique deux bases de données (P2CS et P2TF) dédiées aux réseaux de régulation chez les bactéries, ainsi que le serveur web associé pour la prédiction de ces systèmes pour des génomes séquencés de novo.

Ce travail a permis de développer, au sein d'une équipe de recherche, un ensemble d'outils d'aide à l'expertise pour la recherche en génomique environnementale. Il nous a permis de travailler sur la consolidation et la réutilisation de la quantité croissante de données de type Omics et de porter une nouvelle thématique de recherche pour aider les membres de l'équipe: la bibliomics, étude de l'ensemble des publications scientifiques par des approches NLPs (Natural Langage Processing).

Plus d'informations dans la page :


Infos Pratiques

La soutenance aura lieu au CEA Cadarache, bât 120, à partir de 14 h.

Pour les extérieurs, merci de contacter Najat Comte au 04 42 25 27 53 pour les formalités d'entrée sur le centre.

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